Stichting Joyce-House Nederland is de moederstichting. Deze wordt bestuurd door de Raad van Toezicht en het Bestuur. Afdelingen als communicatie, financiën, personeelszaken e.d. vallen rechtstreeks onder deze stichting.
Daarnaast heeft of krijgt iedere locatie zijn eigen stichting. Op dit moment zijn dat Stichting Joyce-House Smilde en Stichting Joyce-House Haren. Deze stichtingen worden gefaciliteerd door de moederstichting.